Vologda se encuentra en la margen derecha del río del mismo nombre, que es una antigua vía fluvial que conectaba esta ciudad a través de las cuencas de los ríos Sukhona y Sheksna con Arkhangelsk.
Por primera vez en fuentes históricas se menciona la ciudad en el siglo XII. En el siglo XV, Vologda fue gobernada por Veliky Novgorod. Desde 1462, durante veinte años, Vólogda fue el centro del principado apanage, pero desde 1481 cayó bajo el dominio del principado de Moscú, cuyo gobernante era entonces Iván III.
En 1565, Iván el Terrible decidió establecer su segunda residencia oprichnina en Vologda. Quería construir un Kremlin de piedra y una fortaleza aquí. Miles de artesanos y campesinos fueron conducidos a Vologda, y la construcción estuvo a cargo del ingeniero inglés H. Locke. En el plan, el Kremlin era un rectángulo. En el lado norte, estaba protegido por el río Vologda, y en ambos lados se cavó un foso con agua. Pero la incursión del Khan de Crimea en 1571 y la plaga que comenzó en Vologda obligaron a Iván IV a regresar a Moscú. Con la partida del rey, cesó la construcción.
Debido a la ausencia de fortificaciones serias, Vologda sufrió mucho por la invasión del ejército polaco-lituano en 1612. Pero la ciudad fue reconstruida rápidamente e incluso superó su tamaño anterior. A finales del siglo XVII, el centro histórico de Vologda constaba de cuatro partes: Ciudad, Verkhniy Posad, Nizhniy Posad y Zarechye. Sin embargo, a principios del siglo XVIII, la posición económica de Vologda se debilitó un poco debido a la fundación de San Petersburgo y al desarrollo del comercio en el Mar Báltico.
En 1708 Vologda se incorporó a la región de Arkhangelsk. Pero ya en 1719 la ciudad se convirtió en el centro de la provincia de Vologda, y en 1796, en el centro de la provincia de Vologda, que existió hasta 1929.
En el siglo XIX, la ciudad se convirtió en un lugar de exilio político para muchos miembros de la intelectualidad. En 1918, Vologda desempeñó el papel de "capital diplomática" de Rusia durante 5 meses. Después de la conclusión del Tratado de Paz de Brest, las embajadas y misiones de 11 estados importantes se trasladaron temporalmente aquí, en particular: Estados Unidos, Gran Bretaña, Francia, Japón, China, Brasil, etc.
Ahora Vologda es un popular centro turístico visitado tanto por turistas rusos como extranjeros.